Laboratório da Feevale identifica possível nova variante do coronavírus no RS

O Laboratório de Microbiologia Molecular da Universidade Feevale, integrante da Rede Corona-ômica BR-MCTI, sequenciou 26 genomas de SARS-CoV-2 de amostras de suabe nasofaríngeo, coletadas entre o final de abril e a metade de junho deste ano, no Rio Grande do Sul. Do total de amostras, 20 são provenientes de viajantes que cruzavam a fronteira entre a Argentina e o Estado, na cidade de Uruguaiana, quatro oriundas da Secretaria Municipal da Saúde de Porto Alegre e duas que foram recebidas no próprio laboratório. As amostras foram selecionadas para o sequenciamento de alto desempenho através da plataforma Illumina MiSeq.

O pesquisador Fernando Spilki, pró-reitor de Pesquisa, Pós-graduação e Extensão da Feevale, destaca a importância desse tipo de vigilância contínua da variação genética.

“Quando realizado de forma mais intensa, permite a detecção de novas variantes mesmo logo após seu surgimento, informação que pode ser válida para o combate à pandemia e novos surtos de Covid-19”, explica.

As sequências consenso dos 26 genomas completos, com mais de 98% de cobertura, foram primeiramente submetidas à plataforma Pangolin e caracterizadas como pertencentes à linhagem V.O.I B.1.1.28. No entanto, por tratar-se de uma linhagem pouco detectada, a análise de variant calling foi empregada nos arquivos FASTQ, com o objetivo de avaliar possíveis novas mutações, em menor frequência.

Como resultado, além das mutações características de B.1.1.28, oito mutações não sinônimas adicionais foram identificadas na ORF1ab, sete em S, duas em N e uma na ORF8. Com base nessas análises, é possível que uma provável nova variante P.X tenha sido detectada, e que sua emergência esteja sendo observada em tempo real.

Estudo é disponibilizado em base de dados nacionais e internacionais

Dentre as mutações adicionais observadas, seis chamaram a atenção devido à frequência total em que apareceram nas amostras e que parecem ser assinaturas da provável nova variante P.X emergente. É importante salientar que as mutações características de P.1 e P.2 não foram encontradas em nenhum dos genomas gerados neste estudo.

Foi realizado, também, o alinhamento e a árvore filogenética dos 26 genomas completos, com sequências representativas de outras linhagens, assim como a sequência referência de Wuhan. A filogenia foi feita através da plataforma online IQtree v2.1.2 e mostrou que as sequências claramente agrupam-se em um clado separado das demais, corroborando os resultados anteriores de uma provável nova variante em emergência, mais relacionada à B.1.1.28.

A constante descoberta de novos genomas e possíveis novas linhagens, assim como o monitoramento de novas mutações, são de especial relevância, considerando o impacto causado por outras linhagens como B.1.1.7 (Alpha), B.1.351 (Beta), P.1, e B.1.617.2 (Delta), no Reino Unido, África do Sul, Brasil e Índia, respectivamente. Todos os dados estão sendo disponibilizados em bases de dados públicos nacionais (Corona-ômica.BR – MCTI) e internacionais (Gisaid), com posterior submissão do trabalho ao periódico científico.